1.1.1 探索生物信息学神秘岛（1） 1.1.2 探索生物信息学神秘岛（2） 1.2 什么是生物信息学 1.3 这门课学什么 2.1 为什么需要生物数据库 2.2 生物数据库的分类 2.3.1 文献数据库：PubMed（1） 2.3.2 文献数据库：PubMed（2） 2.4.1 一级核酸数据库：GeneBank（1） 2.4.2 一级核酸数据库：GeneBank（2） 2.4.3 一级核酸数据库：GeneBank（3） 2.4.4 一级核酸数据库：GeneBank（4） 2.5.1 基因组数据库：Ensemble 2.5.2 微生物宏基因组数据库：JCVI 2.6 二级核酸数据库 2.7.1 一级蛋白质序列数据库 2.7.2 UniProtKB注释解读（1） 2.7.3 UniProtKB注释解读（2） 2.8.1 一级蛋白质结构数据库 2.8.2 PDB文件注释解读 2.8.3 PDB文件3D展示JSmol 2.9.1 二级蛋白质数据库 2.9.2 结构分类数据库CATH 2.9.3 结构分类数据库SCOP2 2.10.1 专项数据库：KEGG，OMIM（1） 2.10.2 专项数据库：KEGG，OMIM（2） 3.1 认识序列 3.2 序列相似性 3.3.1 核酸序列的替换记分矩阵 3.3.2 蛋白质序列的替换记分矩阵（1） 3.3.3 蛋白质序列的替换记分矩阵（2） 3.4.1 打点法的用途 3.4.2 Dotlet界面介绍 3.4.3 Dotlet应用实例 3.5.1 什么是序列比对 3.5.2 双序列全局比对 3.5.3 双序列局部比对 3.6 一致度和相似度 3.7.1 EMBL全局双序列比对工具 3.7.2 Gap的类型及分值设置 3.7.3 EMBL局部双序列比对工具 3.7.4 其他在线双序列比对工具 3.8.1 BLAST是怎么样工作的？ 3.8.2 BLAST的种类 3.8.3 NCBI：BLASTp 3.8.4 NCBI：PSI BLAST 3.8.5 NCBI：PHI BLAST 3.8.6 其他BLAST 3.9.1 多序列比对—用途及算法 3.9.2 多序列比对—注意事项 3.10.1 EMBL多序列比对工具：Clustal Omega 3.10.2 TCOFFEE多序列比对工具：Expresso 3.10.3 多序列比对的保存格式 3.11.1 Jalview的介绍和操作 3.11.2 Jalview的编辑和发布 3.12.1 序列标识图：Weblogo 3.12.2 序列基序：MEME 3.12.3 PRINTS指纹图谱数据库 4.1.1 拉马克的用进废退理论 4.1.2 达尔文与自然选择 4.2.1 如何研究进化 4.2.2 不同的同源 4.2.3 树状还是网状 4.3.1 系统发生树（1） 4.3.2 系统发生树（2） 4.4 系统发生树的构建 4.5.1 MEGA7构建NJ树（1） 4.5.2 MEGA7构建NJ树（2） 4.6.1 超有创意的进化史 4.6.2 纸张上的进化史 5.1 蛋白质的结构 5.2.1 蛋白质的二级结构：DSSP指认 5.2.2 蛋白质的二级结构：PDB获取 5.2.3 蛋白质的二级结构：软件预测 5.3 蛋白质的三级结构 5.4.1 三级结构可视化软件VMD（1） 5.4.2 三级结构可视化软件VMD（2） 5.4.3 三级结构可视化软件VMD（3） 5.4.4 三级结构可视化软件VMD（4） 5.5.1 计算方法预测三级结构：介绍 5.5.2 计算方法预测三级结构：同源建模法 5.5.3 计算方法预测三级结构：穿线法 5.5.4 计算方法预测三级结构：从头计算法 5.5.5 计算方法预测三级结构：综合法 5.5.6 计算方法预测三级结构：模型质量评估 5.6.1 三级结构的比对：SuperPose叠合 5.6.2 三级结构的比对：SPDBV选择叠合 5.7.1 蛋白质分子表面性质：VMD创建PSF文件 5.7.2 蛋白质分子表面性质：APBS计算表面电荷分布 5.8 获取蛋白质的四级结构 5.9.1 常用对接软件ZDOCK 5.9.2 相互作用面分析PDBePISA 5.10.1 AutoDock安装 5.10.2 AutoDock预处理 5.10.3 AutoDock对接 5.11.1 虚拟筛选 5.11.2 虚拟筛选 AutoDock Vina 5.11.3 反向对接 5.12 分子动力学模拟 6.1 基因组学与测序技术 6.2 高通量测序技术在精准医学中的应用 6.3.1 测序偏差/错误 6.3.2 计算速度与内存 6.3.3 数据存储与可视化 6.4 从头测序 6.5 重测序 6.6 转录组测序 6.7 表观基因组测序 6.8 猛犸象基因组测序计划 6.9 古基因组学面临的挑战 6.10 古基因组学研究中的生物信息技术 7.1.1 贝叶斯公式及其生物学应用：概念及推导 7.1.2 贝叶斯公式及其生物学应用：基本应用举例 7.1.3 贝叶斯公式及其生物学应用：生物学中的应用案例 7.2.1 灵敏度与特异度 7.2.2 生物学中灵敏度与特异度的应用案例 7.2.3 位点特异性加权矩阵 7.3.1 基本序列算法：构建后缀树 7.3.2 基本序列算法：使用后缀树 7.3.3 基本序列算法：最高分子序列 8.1 什么是数据挖掘 8.2 数据库系统 8.3.1 机器学习：主要任务 8.3.2 机器学习：K次交叉检验 8.3.3 机器学习的算法 8.4.1 WEKA中的术语 8.4.2 属性类型与格式转换 8.4.3 Explorer界面介绍 8.4.4 数据预处理 8.4.5 执行挖掘任务 9.1 Linux操作系统 9.2.1 Linux基本命令（1） 9.2.2 Linux基本命令（2） 9.3.1 Perl语言基础入门（1） 9.3.2 Perl语言基础入门（2） 9.3.3 Perl语言基础入门（3） 9.3.4 Perl语言基础入门（4） 9.4.1 Perl语言基础高级（1） 9.4.2 Perl语言基础高级（2） 9.5 前端开发和HTML介绍 9.6.1 HTML常用标签（1） 9.6.2 HTML常用标签（2） 9.7.1 设计简单的网页（1） 9.7.2 设计简单的网页（2） 9.7.3 设计简单的网页（3） 9.7.4 设计简单的网页（4） 9.8 HTML与CGI简单交互