1.1 什么是生物信息学 1.2 生物信息学历史 1.3 中国大陆的生物信息学 2.1 序列比对中的基本概念 2.2 利用动态规划进行全局比对 2.3 从全局比对到局部比对 2.4 考虑仿射空位罚分的序列比对，以及如何计算Needleman-Wunsch算法的时间复杂度 2.5 关于同源、相似性、相似性矩阵和点阵图的补充材料 2.6 Interview with Michael S. Waterman 2.7 学生课堂报告1 2.8 学生课堂报告2 3.1 序列数据库 3.2 BLAST 算法初探 3.3 学生课堂报告 4.1 从状态到马尔可夫链 4.2 隐马尔可夫模型 4.3 利用隐马尔可夫模型建立预测模型 4.4 学生课堂报告1 4.5 学生课堂报告2 4.6 学生课堂报告3 4.7 学生实践 5.1 新一代测序 5.2 序列回贴与变异鉴定 5.3 序列回贴和变异鉴定的分析演示 5.4 关于回贴、变异鉴定的补充材料 5.5 关于基因型鉴定的补充材料 5.6 Ion Torrent PGM测序介绍 5.7 3730 Sanger测序介绍 5.8 学生课堂报告 6.1 问题概述 6.2 记录变异的数据库 6.3 基于保守性和规则的预测方法：SIFT和PolyPhen 6.4 基于机器学习分类器的预测方法：SAPRED 6.5 支持向量机简介 6.6 学生课堂报告 7.1 转录组介绍 7.2 RNA测序数据回贴与组装 7.3 RNA-seq数据分析 7.4 Maynard Olson教授访谈 7.5 学生课堂报告1 7.6 学生课堂报告2 7.7 学生课堂报告3 7.8 学生课堂报告4 7.9 学生实践 8.1 从信息到知识 8.2 数据挖掘-长非编码RNA的鉴定 8.3 数据挖掘-差异表达与聚类分析 8.4 变量选择与聚类分析 8.5 illumina Hiseq & Miseq测序仪介绍 8.6 学生课堂报告 9.1 本体论和基因本体论 9.2 KEGG分子通路数据库 9.3 GO注释 9.4 分子通路鉴定 9.5 应用：药物成瘾共同分子通路的鉴定 9.6 数据库系统简介 9.7 KOBAS演示 9.8 学生展示KOBAS 10.1 生物信息资源概览 10.2 美国国家生物信息中心（NCBI）资源 10.3 欧洲生物信息中心（EBI）资源 10.4 UCSC基因组浏览器 10.5 其他主要生物信息资源 10.6 学生介绍CBI资源 11.1 新基因鉴定及演化分析-概念与实例 11.2 新基因鉴定及演化分析-大脑演化的驱动力 11.3 一个与成瘾相关的人类特异的从头起源的新基因 11.4 从非编码RNA起源的从头起源新基因 11.5 学生课堂报告 12.1 从干实验到湿实验——一个演化问题 第1部分 12.2 裴钢教授关于研究背景的介绍 12.3 从干实验到湿实验——一个演化问题 第2部分 12.4 裴钢教授访谈 12.5 学生课堂报告